Job sans dépendances spécifiques

Exemple de job séquentiel python utilisant le module python (incluant les paquets scientifiques classiques).

## Nom du job
#$ -N jobname
## Job séquentiel medium : temps CPU  < 24 h
#$ -q seq_short
## Quantité de mémoire réservée
#$ -l m_mem_free=750M
## Messages
#$ -M prenom.nom@cyu.fr
#$ -m esa
## Environnement
#$ -cwd
#$ -j y
module load python
./programme.py

Liste des modules inclus dans le module python :

• modules scientifiques : numpy, scipy, sympy, pandas
• modules graphiques : matplotlib, plotly
• modules performences : numba, mpi4py
• modules development : ipython, black, mypy, spyder-kernels

Job avec dépendances spécifiques

Pour utiliser des paquets python non disponibles dans le module python, il est recommandé de créer un environnement virtuel conda, puis d’utiliser cet environnement à la place du module python.

Exemple avec le création d’un environnement conda incluant scikit-learn :

conda env create --name SKL scikit-learn matplotlib 

Activation de l’environnement :

conda activate SKL

Désactivation de l’environnement:

conda deactivate SKL

Lister les environnements conda disponibles :

conda env list

Script de job utilisant un environnement conda :

## Nom du job
#$ -N jobname
## Job séquentiel medium : temps CPU  < 24 h
#$ -q seq_short
## Quantité de mémoire réservée
#$ -l m_mem_free=750M
## Messages
#$ -M prenom.nom@cyu.fr
#$ -m esa
## Environnement
#$ -cwd
#$ -j y
conda activate SKL
./programme.py